自己株式取得のみなし配当の計算方法｜税率と源泉徴収の期限を確認

自己株式取得に伴うみなし配当は、自社株買い・事業承継・少数株主整理の局面で「売買代金」として一括処理できないことが多く、税務上の内訳計算が実務の成否を左右します。判定や計算を誤ると、非上場株式の配当所得が総合課税となり得るほか、源泉徴収（20.42%）や翌月10日までの納付といった手続の失念が、想定外の税負担や調査対応に波及しかねません。みなし配当が出るか／いくらかを事前に把握できれば、スキーム選択（自己株式取得か株主間売買か）や、対価設定・証憑整備・社内の役割分担までを具体的に決めやすくなります。実務で最初に押さえるべきは内訳計算の前提です。発生判定から見ていきます。

みなし配当の基本

みなし配当の定義と税務上の位置付け

みなし配当とは、会社法上の剰余金の配当という形式をとらなくても、実質的に利益の分配と同視できる経済的効果がある取引について、税務上「配当」として扱う概念です。自己株式取得（発行会社が自社株を有償で買い取る取引）では、株主が受け取る交付金銭等が、税務上つねに株式の売買代金として一体で処理されるわけではなく、

• 資本の払戻しに相当する部分（株主が投下した元本の回収）
• 利益積立金額からの払戻しに相当する部分（過去利益の分配）

に分解して考えます。実務上は、まず「資本金等の額から払い戻された金額（株式対応金額）」を計算し、これを株主側では株式の譲渡対価として扱います。次に、交付金銭等の額から株式対応金額を差し引いた差額がプラスであるとき、その差額がみなし配当（個人なら配当所得の収入金額、法人なら受取配当金）になります。

制度趣旨は、自己株式取得などの資本取引の形式を用いて利益を社外に移転し、配当課税の回避につながる取扱いが生じないようにする点にあります。条文上の根拠として、法人課税では受取配当金等の範囲に関する規律（法人税法第24条（法人税法第24条））、個人課税では配当所得の収入金額の位置付け（所得税法第25条（所得税法第25条））が実務上の出発点になります。

配当所得と譲渡所得の違い

自己株式取得では、同じ「対価の受領」であっても、税務上の内訳により配当所得（みなし配当）と株式の譲渡所得に分かれ得る点が、第三者への株式売却と大きく異なります。

個人株主が第三者へ非上場株式を譲渡する場合、通常は株式等に係る譲渡所得として申告分離課税（20.315%）で完結します。一方、発行会社への売却でみなし配当が生じると、その部分は配当所得となり、非上場株式の配当所得は原則として総合課税（累進税率）です。

また、みなし配当が生じる場面では、株主側の税務処理も「法人株主（完全支配関係がない前提）の処理」と実質的に同様の発想で整理できます。

この区分がずれると、源泉徴収の要否や確定申告での扱い（配当控除の可否を含む）まで連鎖して影響します。みなし配当が出る取引では、対価全額を「譲渡」として一括処理しないことが実務の要点です。

自己株式取得での発生判定

自己株式取得で発生するケース

自己株式取得でみなし配当が発生する典型は、株主に交付する対価が、当該株式に対応する税務上の資本金等の額（株式対応金額の基礎）を上回る場合です。税務上は、まず「資本金等の額から払い戻された金額（株式対応金額）」を算定し、その後、

• 交付金銭等（払戻額）－株式対応金額＞0 となる部分

が利益積立金額から払い戻された金額としてみなし配当になります（差額がマイナスやゼロなら、みなし配当はゼロとして扱います）。

参照事例として、残余財産の分配（清算局面）でも、残余財産分配は「資本の払戻し」に該当し得るため、同様に「株式対応金額」と「みなし配当」に分解して考えます。自己株式取得でも、考え方の骨格（資本の払戻し部分→譲渡、超過部分→配当）が同じである点を押さえると、誤判定を減らせます。

実務でよくある場面としては、事業承継に伴う創業者からの買い取り、少数株主整理、退任役員の持株買取りなどがあります。みなし配当の有無を判断するには、取引直前の税務上の純資産（特に資本金等の額と利益積立金額の構成）と、対象株式数の確定が前提になります。

会社が買うか、株主間売買にするかを分ける判断基準

買い手を発行会社とする自己株式取得にするか、後継者個人・既存株主等の株主間売買にするかは、税負担だけでなく、会社法上の制約や実務負担も含めた比較が必要です。

自己株式取得を選ぶ場合、対価の一部がみなし配当となり得るため、売主の手取りが想定より減るだけでなく、会社側に源泉徴収・支払調書といった追加実務が発生します。反対に、後継者個人に資金がない場合は、会社の手元資金を活用できる自己株式取得が現実解になることも多く、税と資金繰りをセットで比較する必要があります。

市場取引・相対取引・株式買取請求のどこで判定が変わるか

みなし配当の判定は「発行会社への譲渡かどうか」だけでなく、取引の態様・制度上の扱いにも左右されます。

なお、会社法上の株式の効力・権利関係として、取得した自己株式には議決権がない（会社法308条2項（会社法第308条））こと、自己株式には剰余金の配当ができない（会社法453条（会社法第453条））ことは、少数株主整理や株式集約の設計（議決権比率・配当期待の調整）に直結します。税務判定とあわせて、会社法上の効果も同時に確認するのが安全です。

みなし配当の計算方法

計算式と資本金等の額の考え方

自己株式取得におけるみなし配当額は、税務上は「交付金銭等の額」から「資本金等の額から払い戻された金額（株式対応金額）」を控除して求めます。言い換えると、先に資本の払戻し部分を確定し、その残りが（プラスなら）利益の払戻し＝みなし配当です。

この整理は、清算会社の残余財産分配の説明でも用いられており、みなし配当の実務は「対価を資本と利益に分ける」という一点に集約されます。

また、税務上の資本金等の額は、会計上の資本金・資本剰余金の単純合計と一致しないことがあります。特に、過去の組織再編・無償増減資・現物出資等があると乖離が生じ得るため、法人税申告書の別表五（一）等で税務残高を突合し、どの株式数で按分するか（発行済株式総数や分配対象株式総数の確定）まで含めて検証することが重要です。

自己株式取得の計算例を数値で確認

自己株式取得では、対価を「みなし配当」と「譲渡」に分解するため、みなし配当がある程度大きい場合、株式の譲渡損が同時に発生することも起こり得ます。これは、交付金銭等からみなし配当を控除した残額が「譲渡対価」として残る構造のためです。

参照事例の数値関係では、投資有価証券の簿価が1,600、交付金銭等（残余財産分配額等）が1,840、みなし配当（受取配当金）が560、資本金等の額からの払戻しに対応する部分が240と整理されています。このように、

• 交付金銭等の額のうち、まず株式対応金額（資本の払戻し）を切り出す
• 残り（プラス）がみなし配当になる

という順序で把握すると、数値の整合が取りやすくなります。

また、完全支配関係がある法人間など一定の場合には、株式譲渡益（例：1,840－1,600＝240）が税務上認識されず、資本金等の額の加算処理になる取扱いが示されています（法人税法61条の2第17項（法人税法第61条の2）等）。自己株式取得でもグループ内取引が絡むと課税関係が変わり得るため、当事者関係（完全支配関係の有無）は必ず先に確定させます。

端数処理・自己株式控除・種類株式がある場合に計算を誤りやすい場面

計算誤りは、(1)分母の株式数、(2)種類株式の切り分け、(3)端数処理で起こりやすいです。特に清算局面の残余財産分配の説明では、分配直前の数値を用いる際に「割合」を乗じて資本金等の額からの払戻額を計算し、その割合について小数点3位未満を切上げとする取扱いが示されています。端数処理ルールが前提となる計算では、会社内での恣意的な丸めを避け、根拠に沿って統一します。

種類株式がある場合は、税務の計算以前に、権利内容（普通株より低配当の設計、株主が会社に取得請求できる設計など）が取引価格や取得スキームに影響します。法務（定款・種類株主総会の要否）と税務（みなし配当の内訳計算）を分断せず、同じ前提の数値・株式数で処理することが実務上の安全策です。

株主別の課税関係

個人株主の課税と税率の概要

個人株主が非上場会社の自己株式取得に応じ、みなし配当が発生した場合、その部分は配当所得の収入金額になります。株式対応金額は株式の譲渡対価として把握し、取得費との差額が譲渡所得（または譲渡損失）です。ここを混同すると、確定申告の所得区分・計算書の作り方が破綻します。

非上場株式の配当所得は原則として総合課税であり、所得税の超過累進（5%～45%）に住民税10%を加えると最高55%となり得ます。一方、源泉徴収が行われる局面では、みなし配当に対して所得税等が徴収され、確定申告で精算します。

また、みなし配当についても配当控除（税額控除）の対象になり得ます。配当控除の適用を受けるためには確定申告が必要で、みなし配当について源泉徴収された所得税と配当控除額の合計が、個人の所得税額から控除される整理になります（所得税法92条1項（所得税法第92条））。実務では「源泉徴収されているから申告不要」と短絡せず、配当控除の適否・他の所得との合算影響まで含めて試算することが重要です。

法人株主の課税と益金不算入

法人株主が自己株式取得に応じた場合、交付対価のうち資本金等の額を超える部分は受取配当金（みなし配当）として整理し、残額が株式の譲渡対価になります。

みなし配当として認識した受取配当金には、受取配当等の益金不算入の枠組みが適用され得ます（法人税法第23条（法人税法第23条））。参照事例でも、受取配当金（みなし配当）については益金不算入規定により別表四で減算対象になる整理が示されています。

さらに、当事者間に完全支配関係がある場合には、株式譲渡益が認識されず資本金等の額の加算処理とされる取扱い（法人税法61条の2第17項（法人税法第61条の2）等）が関係し、損益・資本金等の額の双方に波及します。自己株式取得がグループ内整理の一環で行われる場合、会計上の売却損益と税務上の取扱いが乖離しやすいため、別表調整（別表四・別表五（一））まで含めて事前に設計しておくべきです。

持株比率区分ごとの益金不算入割合

受取配当等の益金不算入は、保有割合等の区分に応じて取扱いが変わります。実務では、株主名簿上の名義だけでなく、グループ内の支配関係を踏まえた判定が必要になることがあります。

また、会社法の論点としては、相互保有株式に該当するかどうかの判断時点が、原則として議決権の基準日であることが示されています（会社法施行規則67条3項）。基準日後に株式交換等で議決権の全部を取得した場合はその効力発生日、基準日後に議決権総数の増減で相互保有株式に該当しなくなった／該当することを会社が知ったときは会社が知った日で判定する、という例外も整理されています。自己株式取得の前後で資本関係が動く案件では、この「いつの時点で何を判定するか」を固定しないと、持株比率区分や社内の意思決定手続（基準日設定を含む）が連鎖して不整合になります。

源泉徴収と申告実務

自己株式取得の源泉徴収義務と期限

非上場会社が個人株主から自己株式を取得し、対価の内訳としてみなし配当が生じる場合、発行会社はそのみなし配当額に対し源泉徴収を行うのが原則です。

源泉徴収税率は20.42%（所得税20%＋復興特別所得税0.42%）で、納付期限は、自己株式取得の効力発生日または支払日の属する月の翌月10日までです。源泉徴収を失念すると、本税に加え不納付加算税・延滞税のリスクが現実化し、税務調査で指摘されやすい類型になります。

一方で、参照事例では、株主法人と清算法人との間に完全支配関係があるため「みなし配当に係る源泉徴収義務も生じない」と整理されています。自己株式取得でも、当事者属性（個人か法人か、支配関係の有無）で源泉徴収の要否が変わり得るため、契約・支払実行前に必ず判定しておく必要があります。

源泉徴収額の計算例と支払調書

源泉徴収は「交付対価の総額」ではなく、税務上算定したみなし配当額に税率を乗じて計算します。例えば、みなし配当額が1,000万円なら、源泉徴収税額は204万2,000円（1,000万円×20.42%）です。

支払調書については、発行会社が「配当等とみなす金額に関する支払調書」および「配当等とみなす金額に関する支払調書合計表」を作成します。記載実務では、株主側が「みなし配当→支払通知書から把握」する整理が示されているため、会社側でも、株主が確定申告で内訳を追えるよう、みなし配当額・源泉徴収税額・支払確定日等の情報を支払通知と整合させておくことが重要です。

誰が、いつ、どの証憑をそろえるか｜経理・法務・株主名簿担当の役割分担

自己株式取得は、会社法手続と税務計算（みなし配当・源泉徴収・支払調書）が同時並行で進むため、部門間の役割分担を「成果物（証憑）」で切っておくのが有効です。

特に、相互保有株式等の「判断時点」が基準日で動く論点があるため、株主名簿側の基準日管理と、法務側の招集・決議のタイミング、経理側の持株比率判定（益金不算入や源泉徴収要否に波及し得る）を同じ時点情報に揃えることが、コンプライアンス上の要点です。

非上場株式の特例と対策

相続非上場株式の譲渡特例

相続により取得した非上場株式を発行会社に譲渡する場合、一定の要件を満たすと、自己株式取得でもみなし配当課税を行わず、交付対価の全額を譲渡所得の収入金額として整理できる特例があり得ます。

参照要件として、相続や遺贈により取得し相続税が課された個人が、相続開始日の翌日から、相続税申告期限の翌日以後3年を経過する日まで（相続開始から4年10か月以内）に、課税対象となった非上場株式を発行会社へ譲渡する期間要件が示されています。適用を受けるには、株式を譲渡する日までに「みなし配当課税の特例に関する届出書」を発行会社経由で税務署へ提出する実務対応が必要です。

この特例を使うと、通常は総合課税となり得るみなし配当部分が発生せず、譲渡所得として申告分離課税20.315%で整理できるため、税負担と予見可能性の両面で影響が大きい論点です。

株価算定が税負担に与える影響

非上場株式は市場価格がないため、自己株式取得の対価（1株当たり価額）が適正時価から乖離すると、みなし配当の大小だけでなく、別の課税リスク（利益供与・受贈益・贈与税等）へ波及する可能性があります。

また、会社が取得した自己株式は期間制限なく保有できる一方、自己株式には議決権がなく（会社法第308条）、剰余金配当もできません（会社法第453条）。そのため、流通株式数が減った結果として株式の希少性が意識され、評価・価格交渉に影響することがあります。税務上の時価算定は、このような会社法上の効果も踏まえ、価格決定プロセス（評価手法、算定根拠、社内決裁）を証憑化しておくことが重要です。

自己株式取得前の税務リスク対策

自己株式取得は、成立・支払後に税務上の組み替えで救済することが難しい類型のため、実行前のシミュレーションと証憑整備が中心的な対策になります。

また、相続で取得した株式が絡む場合は、期間要件（相続開始から4年10か月以内等）に入るかどうかで、みなし配当を回避できる可能性があるため、スケジュール面の確認が税額と同じくらい重要です。

よくある質問

取得価額が取得費と同じでもみなし配当は発生しますか？

株主自身の株式の取得費と、会社からの譲渡対価が同額であっても、みなし配当は発生し得ます。

みなし配当の判定基準は「株主がいくらで買ったか」ではなく、税務上の資本金等の額から払い戻された金額（株式対応金額）と、交付金銭等の額との差額だからです。交付金銭等の額から株式対応金額を差し引いた差額がプラスなら、その部分は利益積立金額からの払戻しとしてみなし配当になります。したがって、株主の取得費の多寡と、みなし配当の発生有無は直接には連動しません。

みなし配当と譲渡所得は同じ取引で両方発生しますか？

同じ自己株式取得取引において、みなし配当と譲渡所得は同時に発生し得ます。

交付対価は税務上、まず資本金等の額から払い戻された金額（株式対応金額）を切り出し、これが株式の譲渡対価になります。交付対価から株式対応金額を差し引いた差額がプラスなら、その部分がみなし配当（配当所得の収入金額／受取配当金）です。さらに、株式の譲渡対価（株式対応金額）と取得費（帳簿価額）との差額が譲渡損益になります。

参照事例でも、交付金銭等1,840と投資有価証券簿価1,600の差額として譲渡益240が示されつつ、別途みなし配当（受取配当金）560が整理されています。このように、1取引の中で配当と譲渡が併存する構造を前提に、内訳計算と証憑を整える必要があります。

みなし配当が発生した場合、支払調書の提出は必要ですか？

みなし配当が発生した場合、発行会社は所轄税務署長に対して支払調書の提出が必要です。

具体的には、「配当等とみなす金額に関する支払調書」および「配当等とみなす金額に関する支払調書合計表」を作成し、株主の氏名・住所・個人番号、みなし配当額、源泉徴収税額等を記載します。株主側では「みなし配当は支払通知書から把握する」と整理されるため、会社側の支払調書・支払通知と、源泉徴収額（20.42%）の計算根拠が整合するように運用することが重要です。

赤字決算の会社でもみなし配当は問題になりますか？

当期が赤字決算の会社であっても、みなし配当は問題になり得ます。

みなし配当は、単年度の損益（黒字・赤字）だけで決まるのではなく、交付金銭等の額から株式対応金額を控除した差額がプラスかどうか、すなわち利益積立金額からの払戻しがあるといえるかで判定します。したがって、当期赤字でも過去の累積があり、対価が資本金等の額を上回る設計になっていれば、みなし配当が生じ得ます。逆に、差額がゼロ以下であれば、みなし配当はゼロとして取り扱う整理になります。

まとめ：みなし配当への対応で次にすべきこと

自己株式取得での「みなし配当」は、交付金銭等を資本の払戻し（株式対応金額）と利益の払戻しに分解し、差額がプラスかどうかで発生を判定するのが基本です。判断の軸は、税務上の資本金等の額（別表五（一）等で突合する残高）と、分配対象株式総数・発行済株式総数の確定、そして完全支配関係の有無といった当事者関係の整理にあります。個人株主が絡む場合は、源泉徴収（20.42%）と翌月10日までの納付、支払調書と支払通知の整合といった期限・証憑対応が、税務リスクを左右します。相続で取得した非上場株式が関係する案件では、相続開始から4年10か月以内などの期間要件に入るかを早めに確認し、特例の適用可否も含めてスケジュールを組み立てます。具体的な案件では、法務（機関決定・定款・種類株式）と経理・税務（内訳計算・別表調整・源泉徴収）を同じ前提で揃えたうえで、必要に応じて税理士等の専門家に個別相談することが安全です。

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