残業代未払いで労働基準監督署の調査が来た際の企業対応フローと注意点

従業員からの残業代未払いの申告や、ある日突然の労働基準監督署による調査（臨検監督）は、企業にとって極めて深刻な事態です。初期対応を誤ると、多額の未払い賃金の支払いに加え、送検や企業名公表といった重大なペナルティにつながるリスクもあります。適切な対応を行うには、調査の目的や流れ、企業に求められる義務を正確に理解しておくことが不可欠です。この記事では、労働基準監督署の調査が入る経緯から当日の具体的な対応、是正勧告を受けた後の手続き、そして再発防止策までを網羅的に解説します。

労働基準監督署の役割と調査（臨検監督）の概要

労働基準監督署（労基署）とは？その役割と権限

労働基準監督署（労基署）は、厚生労働省の第一線機関として全国に設置されており、企業が労働関係法令を遵守しているかを監督する行政機関です。主な役割は、管轄内の事業場における法令遵守状況を確認し、労働者の保護と労働環境の向上を図ることにあります。

調査を担当する労働基準監督官には、その職務を遂行するために強力な権限が与えられています。

これらの権限があるため、企業は労基署の調査に対して、単なる行政手続きと軽視せず、誠実に対応する必要があります。

どのような経緯で調査（臨検監督）が行われるか

労働基準監督署による調査（臨検監督）は、そのきっかけによって主に4つの種類に分類されます。

特に再監督で改善が見られない場合、送検されて刑事事件に発展するなど、より厳しい措置が取られる可能性が高まります。

労働基準監督署による調査当日の流れと事前準備

調査の主な対象と確認される内容

調査では、労働条件が法令に沿って適切に管理されているか、書類と実態が一致しているかが重点的に確認されます。

これらの項目について、形式的な整備だけでなく、運用実態が伴っているかが厳しくチェックされます。

調査当日の進行と企業側が準備すべき資料

調査当日は、労働基準監督官（通常2名）が事業場を訪問し、身分証明書を提示した上で調査の趣旨を説明することから始まります。事前通知の有無にかかわらず、必要な資料を速やかに提示できるよう、日頃から整理しておくことが重要です。

資料に不備がある場合は隠さず、正直にその旨を伝えて後日提出するなど、誠実な対応を心がけましょう。

労基署の調査における企業の具体的な対応と注意点

担当者へのヒアリングに対する誠実な受け答え

調査官からのヒアリングに対しては、事実に基づいて誠実に回答することが鉄則です。不確かな記憶や推測で回答すると、後で矛盾が生じ、隠蔽を疑われる可能性があります。即答できない質問に対しては、無理に答えず「確認して後日回答します」と伝えるのが適切な対応です。

調査官は労務管理の専門家であり、資料間の矛盾や不自然な点を鋭く見抜きます。感情的になったり、敵対的な態度を取ったりすることは、調査を長引かせるだけでなく、心証を悪化させる原因となります。あくまで法令を遵守する意思を示し、協力的な姿勢で冷静に対応することが重要です。

求められた資料の適切な提示と事実確認への協力

調査官から提出を求められた資料は、速やかに提示しなければなりません。正当な理由なく資料の提出を拒否すると、労働基準法違反（検査拒否）として罰則の対象となる可能性があります。資料が電子データで管理されている場合は、画面での提示や印刷を求められることもあるため、すぐに対応できる準備が必要です。

資料の内容について説明を求められた際に、担当者が客観的な事実に基づいて回答できるようにしておくことも大切です。例えば、勤怠記録とPCのログに乖離がある場合、その理由を合理的に説明できなければ、サービス残業を疑われることになります。事実確認に協力する姿勢は、調査官との信頼関係を築く上で不可欠です。

虚偽の報告や資料の改ざんといった禁止事項

調査において最も重大な違反行為は、虚偽の報告や資料の改ざんです。労働時間を少なく見せるためにタイムカードを修正したり、未払い賃金を隠すために賃金台帳を偽造したりする行為は、発覚した場合に極めて深刻な事態を招きます。

これらの行為は、単なる労働基準法違反にとどまらず、悪質なケースとして刑事事件に発展し、逮捕や送検に至るリスクがあります。また、企業名が公表されれば社会的な信用は失墜し、事業継続に甚大な悪影響が及びます。過去の過ちを取り繕うのではなく、事実を認めて是正する姿勢を示すことが、最終的に企業を守ることにつながります。

調査担当者は誰が適任か？経営層の同席の要否

調査の対応は、人事労務の責任者や実務に精通した担当者が行うのが適任です。帳簿の内容や現場の実態を正確に把握していないと、誤った回答で事態を悪化させる恐れがあります。

経営者（代表取締役など）の同席は必須ではありませんが、強く推奨されます。経営トップが立ち会うことで、会社として問題を真摯に受け止め、法令遵守を徹底する意思があることを示せるため、調査官に良い心証を与える効果が期待できます。また、顧問の社会保険労務士や弁護士に立ち会いを依頼すれば、専門的な知見に基づいた適切な助言を受けながら調査に対応することが可能です。

是正勧告を受けた場合の対応フロー

是正勧告の法的効力と企業の対応義務

是正勧告は、法令違反の状態を指摘する「行政指導」であり、それ自体に法的な強制力はありません。しかし、これは単なるお願いではなく、放置すればより厳しい措置につながる警告と捉えるべきです。勧告を無視して違反状態を続けた場合、再監督の対象となり、最終的には送検（書類送検）や企業名の公表といった重大な処分を受ける可能性があります。

したがって、企業には指摘された違反事項を指定された期日までに是正し、その結果を報告する事実上の義務があります。また、改善指導が記載された「指導票」についても、法的拘束力はありませんが、将来の労務リスクを減らすために真摯に対応することが賢明です。

未払い残業代の計算と支払い手順

未払い残業代を指摘された場合は、速やかに是正措置を講じる必要があります。その手順は以下の通りです。

計算が複雑な場合や、従業員との交渉が必要な場合は、社会保険労務士や弁護士などの専門家に依頼することを推奨します。

是正報告書の作成方法と提出期限

是正措置が完了したら、労働基準監督署へ「是正報告書」を提出します。報告書には、是正勧告書で指摘された違反項目ごとに、「どのような是正を、いつ完了したか」を具体的に記載します。例えば、未払い賃金については「対象者〇名に対し、〇年〇月〇日に合計〇〇円を支払いました」と記述し、支払いの証拠となる資料の写しを添付します。

報告書は是正勧告書に記載された提出期限を厳守することが原則です。万が一、期限に間に合わない場合は、必ず事前に担当の監督官に連絡し、進捗状況を説明して指示を仰いでください。無断で期限を過ぎると、是正の意思がないとみなされる恐れがあります。

是正勧告後の社内共有と再発防止策の検討

是正報告書の提出で終わりにするのではなく、二度と同様の違反を繰り返さないための再発防止策を講じることが極めて重要です。今回の問題を経営層や管理職で共有し、根本的な原因を分析した上で、具体的な改善策を策定・実行します。

これらの取り組みを通じて法令遵守体制を強化することが、企業の持続的な成長と従業員との信頼関係構築につながります。

残業代未払いを防ぐための日常的な労務管理体制

労働時間の客観的な把握と管理体制の構築

残業代未払いを防ぐ第一歩は、労働時間を客観的な方法で正確に把握・管理することです。従業員の自己申告だけに頼るのではなく、タイムカードやICカード、PCのログオン・ログオフ記録など、客観的な記録と突き合わせて始業・終業時刻を確認する体制が求められます。

客観的記録と自己申告に乖離がある場合は、その理由を確認し、実態に即して労働時間を修正しなければなりません。また、管理職には部下の労働時間を適切に管理する責務があることを教育し、サービス残業を黙認しない組織風土を醸成することが不可欠です。

36協定の適切な締結・届出と上限規制の遵守

従業員に法定労働時間（1日8時間・週40時間）を超えて労働させる場合や、法定休日に労働させる場合は、36協定を締結し、所轄の労働基準監督署長へ届け出ることが法律で義務付けられています。この協定がないまま時間外労働をさせることは、それ自体が法律違反となります。

また、働き方改革関連法により、時間外労働には罰則付きの上限規制（原則として月45時間・年360時間）が設けられています。特別条項付きの協定を結ぶ場合でも、年間720時間以内などの上限を守らなければなりません。協定の有効期間は最長1年であり、毎年更新と届出が必要な点にも注意が必要です。

賃金規程や雇用契約書の見直しと整備

割増賃金の計算ミスを防ぐためには、賃金規程や雇用契約書（労働条件通知書）の内容を明確に整備することが重要です。基本給や各種手当の内容、割増賃金の計算方法などを具体的に規定し、法改正にも対応できるよう定期的に見直します。

特に、固定残業代（みなし残業代）制度を導入している場合は注意が必要です。通常の労働時間の賃金にあたる部分と、固定残業代部分を明確に区別し、固定残業時間を超えた分については差額を別途支払うことを明記しなければなりません。これらのルールが曖昧だと、制度自体が無効と判断されるリスクがあります。

よくある質問

退職した従業員からの申告でも調査は行われますか？

はい、行われます。退職者が在職中の未払い残業代などを理由に労働基準監督署に通報（申告）することは珍しくなく、これをきっかけに「申告監督」が実施されます。労基署は通常、通報者のプライバシーに配慮して調査を行いますが、企業側はいつ調査があっても対応できるよう、退職者の書類も含めて適切に保管しておく必要があります。

未払い残業代の時効は何年ですか？

賃金請求権の消滅時効は、2020年4月1日の民法改正に伴う労働基準法の改正により、当面の間「3年」とされています（改正前は2年）。これにより、労働者は過去3年分の未払い残業代を遡って請求することが可能です。企業側も、賃金台帳などの関連書類を5年間（当面の間は3年間）保存する義務があるため、適切な管理が求められます。

資金繰りが厳しく、すぐに残業代を支払えない場合の対処法はありますか？

法律上、賃金は全額支払いが原則であり、会社の資金繰りを理由に支払いを拒むことはできません。しかし、現実的に一括での支払いが困難な場合は、まずその状況を労働基準監督官に正直に説明し、支払いの意思があることを明確に示してください。その上で、対象従業員と真摯に話し合い、分割払いの計画を提示して合意を得るといった民事上の解決策を探ることになりますが、行政指導としては早期の是正が求められ続けます。

弁護士に相談する最適なタイミングはいつですか？

労務問題に詳しい弁護士への相談は、可能な限り早い段階で行うことが望ましいです。最適なタイミングは、労基署から「調査の事前通知を受けた時点」、あるいは抜き打ち調査後に「是正勧告書を受け取った直後」です。事前に相談すれば、調査当日の対応や準備すべき資料について助言を受けられます。また、是正勧告後であっても、法的に適切な是正方法や報告書の作成についてサポートを受けることで、問題をこじらせずに解決できる可能性が高まります。

まとめ：労基署調査は誠実な対応と再発防止体制の構築が鍵

労働基準監督署による調査（臨検監督）は、定期監督から従業員の申告まで様々な経緯で実施され、企業は日頃から備えておく必要があります。調査当日は、虚偽の報告や資料の改ざんといった行為は絶対に行わず、事実に基づき誠実に対応する姿勢が極めて重要です。是正勧告を受けた際は、指摘された法令違反を真摯に受け止め、期限内に未払い賃金の支払いなどの是正措置を完了し、報告書を提出しなければなりません。今回の調査を単なる事後処理で終わらせず、労働時間の客観的な管理体制の構築や36協定の適切な運用など、社内の労務コンプライアンス体制を根本から見直す機会とすることが不可欠です。こうした再発防止への取り組みが、将来の労務リスクを低減し、企業の持続的な成長を支える基盤となります。

Baseconnect株式会社
サイト運営会社

本メディアは、「企業が経営リスクを正しく知り、素早く動けるように」という想いから、Baseconnect株式会社が運営しています。

当社は、日本最大級の法人データベース「Musubu」において国内1200万件超の企業情報を掲げ、企業の変化の兆しを捉える情報基盤を整備しています。

加えて、与信管理・コンプライアンスチェック・法人確認を支援する「Riskdog」では、年間20億件のリスク情報をAI処理、日々4000以上のニュース媒体を自動取得、1.8億件のデータベース等を活用し、取引先の倒産・不正等の兆候の早期把握を支援しています。

運営会社情報ページへ